Buxgalteriya bo‘limi 2019-yil tashkil topgan. O’zbekiston Respublikasi Prezidentining 2021-yilning 10-dekabridagi “Iqtisodiyot tarmoqlari uchun muhandis kadrlarni tayyorlash tizimini innovatsiya va raqamlashtirish asosida tubdan takomillashtirish chora-tadbirlari to‘g‘risida”PQ-42-sonli qarori bilan “Toshkent irrigatsiya va qishloq xo’jaligini mexanizatsiyalash muhandislari instituti Qarshi filiali” negizida Qarshi irrigatsiya va agrotexnologiyalar instituti tashkil etildi.

Buxgalteriya bo‘limining shtat birliklari tarkibi quyidagicha taqsimlanadi va quyidagi funksiyalarni bajaradi:

1. Bosh hisobchi institutning tarkibiy tuzilmasiga muvofiq bosh hisobchi bevosita institut rektori va moliyaviy-iqtisodiy ishlar bo'yicha prorektorga bo‘ysunadi, buxgalteriya hisobini yuritish, hisobotlarni tuzish va taqdim qilish masalalari bo‘yicha esa, O‘zbekistan Respublikasi Oliy ta’lim, fan va innovatsiyalar vazirligining bosh hisobchisiga ham bo‘ysunadi hamda tashkilotda buxgalteriya hisobini yuritilishiga, moliyaviy hisobotlarni o‘z vaqtida va to‘liq topshirilishiga hamda normativ-huquqiy hujjatlarda belgilangan vazifalarni bajarilishiga javobgar bo‘ladi.
2. Bosh hisobchi muovini yuridik va jismoniy shaxslar bilan xizmat ko‘rsatish hamda xaridlarni amalga oshirish yuzasidan bajarilgan ishlar hisobini yuritadi.
3. 3.  Ish haqini hisoblash bo‘linmasi - xodimlarga tabel asosida ish haqi hisoblash, ularga bank orkali plastik kartochka ochish, shaxsiy jamg'arib boriladigan pensiya badallari o‘tkazilishini ta’minlaydi.
4. 4. Stipendiya bo‘linmasi - talabalarga stipendiya tayinlash bo‘yicha buyruq asosida stipendiya hisoblash va to‘lashni tashkil etadi.
5. 5. Moddiy boyliklar bo‘linmasi - institut ombori, moddiy javobgar shaxslar zimmasidagi tovar-moddiy boyliklar kirim-chiqimi hisobini yuritadi, tovar-moddiy boyliklarni hisobdan chiqarishda qatnashadi.
6. 6. G‘azna - ish haqi va unga tenglashtirilgan to‘lovlarga olingan naqd pul tarqatilishini amalga oshiradi.
7. 7. Davlat xaridlari va shartnomalar bo‘yicha - Institut ehtiyojlari uchun xaridlarni amalga oshirish, nazorat qilish va boshqarish faoliyati yuzasidan bajarilgan ishlar hisobini yuritadi;
8. HEMIS- jarayonlarini boshqarish axborot tizimi - Talabalarga shartnoma berish, kontrakt to‘lovlarni doimiy kiritib borish, to‘lov monitoringini nazorat qilish, talaba UzASBO ID raqamini yuklashni amalga oshiradi.